Οι ακαδημίες της Α.Ε Φαιστού πρωτοϊδρύθηκαν από τον Ιωάννη Νικολιδάκη, διπλωματούχο προπονητή της UEFA B LICENCE ,το έτος 1997 και συνεχίζουν να είναι ενεργές εώς και σήμερα.
Υπεύθυνος προπονητής ακαδημιών 2021-2022: Ιωάννης Νικολιδάκης
Προπονητής ακαδημιών 2021-2022 : Παπαδάκης Στέλιος
